Geneetiliste markerite hulk

Genoomselektsiooni juba rakendavates riikides baseeruvad hinnangud 50 000 SNP-l, kasutamisvalmis on saanud 800 000 SNP-d määrata võimaldav geenikiip ning ilmselt pole kaugel aeg, mil muutub igapäevaseks kogu veise kolmest miljardist nukleotiidipaarist koosneva genoomi sekveneerimine (esimesed veise genoomi sekveneerimise tulemused publitseeriti 2009. aastal - vt Bovine Genome Project).

Samas ei pruugi suurema hulga geneetiliste markerite kasutamine genoomselektsioonil olla sugugi põhjendatud.

• Sest, mida tihedamalt on genoom geneetiliste markeritega kaetud, seda suurem peab olema referentspopulatsioon, hindamaks kõigile markeritele mingit arvulist efekti. Näiteks modelleerimiskatsed on näidanud, et praegusel hetkel erinevate riikide ja konsortsiumite poolt kokku pandud 2 000 kuni 20 000 pealiste referentspopulatsioonide puhul ei anna 50 000-lt geneetiliselt markerilt 800 000-le markerile üleminek peaaegu mingit võitu genoomaretusväärtuste täpsuses - lihtsalt ei ole piisavalt infot hindamaks lisandunud markerite mõju.
   
• Pigem näitavad uuringud, et tänu genoomi suhtelisele püsivusele on kogu 50 000-markerilise paneeli info 80-90%-lise täpsusega ära kirjeldatav ka vaid sobivalt valitud 3 000 markeri abil. Ja kui inimgeneetikast on teada, et kahe juhuslikult valitud inimese vaheline geneetiline erinevus on vaid 1-2%, st, et erinevad on vaid ligikaudu 30-50 000 SNP-d, siis ega piimaveiste puhul olukord palju erinev pole. Seega ei ole tihedama markeritepaneeli kasutamiseks genoomselektsioonil praeguste teadmiste valguses suurt mõtet.