Genoomaretusväärtuste hindamine

Genoomselektsioon baseerub genoomaretusväärtustel. Genoomaretusväärtuste hindamine koosneb mitmest etapist - vt joonis 1.

1. Esimese, hinnangute usaldusväärsuse seisukohast oluliseima etapina võetakse vaatluse alla loomade populatsioon, kelle kohta on teada võimalikult täpsed aretusväärtuste hinnangud (enamasti on tegu pullidega, kelle aretusväärtused on järglaste järgi suure täpsusega hinnatud) - taolist populatsiooni nimetatakse referentspopulatsiooniks.
2. Teisel etapil need loomad genotüpiseeritakse.
3. Kolmandal etapil leitakse genotüübi ja aretusväärtuste vahelised seosed hinnates kõigile DNA-piirkondadele oma ükskõik kui väikese mõju (et genotüpiseerimise tulemusena saadud markerite paneel katab kogu genoomi suhteliselt ühtlaselt, avaldub looma aretusväärtus tema tuhandete geneetiliste markerite mõjude summana ning sestap on loomulik eeldada, et referentspopulatsiooni loomade aretusväärtuste erinevus peegeldun ka geeniandmete erinevuses - tulemuseks ongi nimetatud genotüübi ja aretusväärtuste vahelised seosed).
4. Edasi genotüpiseeritakse huvi pakkuvad ning sugulaste ja oma näitajate alusel veel mitte hinnatavad loomad ning arvutatakse neile, kasutades eelmisel sammul leitud seoseid genoomaretusväärtused, mis peegeldavad võimalikult hästi ja mõnikord täpsemaltki tegelikke polügeenseid aretusväärtuseid.

Joonis 1. Genoomaretusväärtuste hindamise skeem.

Üksikutele DNA-piirkondadele efektide hindamiseks võib aretusväärtuste asemel kasutada ka fenotüübiväärtuseid, aga siis on genoomselektsiooni tulemused ebatäpsemad (sest fenotüübiväärtused on peale geneetiliste efektide mõjutatud ka mitmesuguste mittegeneetiliste efektide poolt, mille mõju ellimineerimine statistiliste analüüsidega ei ole enamasti 100%-line).